云康医学与健康学院基础医学部成立于2021年，是学院主要教学机构之一，下设化学教研室、生物化学与分子生物学教研室、人体解剖学与组织胚胎学教研室、临床医学教研室和病理学与病理生理学教研室5个学科组，承担学院组织学与胚胎学、人体解剖学、基础化学、有机化学、生物化学与分子生物学、病理学、免疫学基础与病原生物学等30余门课程。

现有专兼职教师20人，其中教授2人，副教授5人。博士研究生学历11人，硕士研究生学历9人。基础医学部其主要职责除承担学院基础医学及相关课程的教学管理与组织实施外，还协助学院开展人才培养方案设定、专业建设和师资队伍建设、教学大纲的制定与修订、教学与科研实验室建设以及科研管理等工作。